KBS de Pionier werkt op het gebied van bestuur en management samen met andere scholen in het primair onderwijs en voortgezet onderwijs in het Gooi. Samen vormen deze scholen Alberdingk Thijm Scholen. Het onderwijsbestuur van Alberdingk Thijm Scholen vormt het gezag van de scholen. ​Controle op het bestuur vindt plaats door het koepelbestuur.